因为包括了新增的所有权层级，合并的复杂度增加了。除了计量单独公司已实现净利润， 还必须在每一个所有权层级上确认归属于多数股东和少数股东的收益和净资产份额。
当存在不同层级的所有权时，第一步通常是合并最底层，或者是距离母公司最远的、拥有稍高→层的子公司。顺着次序向上一直合并到直接由母公司控制的所有权结构。在每一层级分配归属于多数股东和少数股东的收益。
按顺序合并的目的是为了正确的计算较高层级的损益和权益，因为上一层级享有的不只是子公司的净利润，还有子公司合并其他子公司权益法调整确认的净利润。
在间接控制情况下，母公司合并报表的编制就有两种方法：一是逐级合并法，即先由子公司合并孙公司、再由母公司合并子公司逐级编制合并报表；二是一次合并法，即由母公司直接依据子公司与孙公司的个别报表，一次编制出合并报表。
分层合并法下对子公司进行合并处理时，子公司根据孙公司当期净利润、利润分配情况及其持股比例，按权益法调整子公司财务报表项目，将导致母公司所有者权益及长期股权投资账面价值的变化。因此，分层合并法下上一级母公司进行合并处理时，应当以下一级母公司调整后的净利润、其他综合收益为基础，调整长期股权投资等财务报表项目的账面价值，在将长期股权投资与其子公司所有者权益抵销时，将其中不属于母公司拥有的份额作为少数股东权益处理。逐级合并的每一层合并处理和直接持股合并完全相同，不同的是补充调整分录。
一次合并法下，对于持有混合控制的子公司股权的子公司进行合并处理时，必须考虑母公司对混合控制的子公司投资收益等项目调整的影响，也就是说，母公司对直接控制的子公司的长期股权投资和投资收益等项目必须以调整后的该子公司投资收益等为基础进行计算。下文对这两种方法进行详细探讨。
8.1. 间接持股（父-子-孙）
简单的间接持股是“父-子-孙”结构，母公司控制子公司，子公司中只有一家对孙公司形成控制。如图示中，母公司 A 直接持有子公司B80% 股权，而间接拥有孙公司C56% （80% ×70%）股权。非控制性权益股东则拥有C公司其余的44%股权，其中，C公司的非控制性权益股东直接持有C公司 30% 的股权，A 公司的 20% 非控制性权益股东间接持有C公 司 14% （20%×70%）的股权。由于母公司 A 间接控制孙公司 C 的 70%股权，形成绝对控股应将其纳入合并范围。但是否将其纳入合并，并非由母公司持有的股权决定的，而是母公司控制的权益，并且进而能控制其经营。
从上一段的股权比例计算中，我们看到在考虑 B 对 C 的直接持股合并时，C 的直接少数股东权益是 30% 。而在考虑 A 对 C 间接持股合并时，C 的少数股东权益比例在 A 合并层面是 44% 。其中增加的 14% 间接持股少数股东权益是 A 的少数股东通过持股 B 80%股 权和 B 持股 C 70% 间接计算形成。也就是说站在最终合并层面看，不是最终合并方持有的子公司股份都是少数股东权益。比如对于 C 来讲，最终合并方只持有其 56% （80%×70%）股权，除此之外都是少数股东权益。因此，我们在逐级合并时除了每一层级合并要按权益法调整净利润和权益，还要补充调整站在最终合并方角度应该调整的少数股东权益和少数股东损益。
在接下来的间接持股合并几种方法解析中，将尽量是用相同的例子，方便熟悉和对比。
同时，因为同一控制合并相对复杂，且可以看作无商誉、账面价值与公允价值一致的非同一控制合并，故