笔者分析，如果可以二次清算，对应的意义为不以项目达到清算条件为界限，去锁定项目成本；而是将单一项目始终视为一个整体，以整体的收入匹配整体的成本。如此一来，初次清算就应被称之为预清算，其意义就在于将大额的土增税收入提前纳入国库，赢得货币的时间价值。此情况下，可以消除因再转让对清算结果带来的不确定性，以及对于可要求清算规定下赋予地方政府的自由裁量权对最终税额的影响，形成土地增值税对应的增值额唯一，无浮动空间的情况。
综上，笔者认为二次清算具有一定的意义。但与此同时，会带来税务工作人员双倍的工作量，且由于不是每一个项目对应产品都会全部销售出去，因此二次清算的意义在实践上形成了一个难题。
房地产企业尾房销售的土地增值税计算方法的不同选择，会使企业缴纳的土地增值税金额差别很大，如何选择计算方法，企业和税局往往有争议。
1、税企争议焦点
房地产企业土地增值税清算后尾房销售的土地增值税计算方法的税企争议焦点是从以下两种土地增值税计算方法中选择哪一种正确：
第一种计算方法是：将尾房销售收入和按清算时的单位建筑面积成本费用乘以销售或转让尾房的面积计算（单位建筑面积成本费用=清算时的扣除项目总金额÷清算的总建筑面积）的扣除项目金额 计算出增值额和增值率，然后套用现有《中华人民共和国土地增值税法》中规定的适用税率和扣除系数公式计算土地增值税；
第二种计算方法是：第一步，确定尾房销售的增值额：将尾房销售收入减除清算时的单位建筑面积成本费用乘以销售或转让尾房的面积计算（单位建筑面积成本费用=清算时的扣除项目总金额÷清算的总建筑面积）的扣除项目金额 计算出增值额；第二步，确定整个开发项目的增值率：将尾房销售收入及其对应的开发成本和开发费用分别并入土地增值清算时已经销售开发产品的销售收入及其开发成本和开发费用，计算出增值率；第三步，确定尾房销售的土地增值税：将第一步的增值额和第二步的增值率计算出尾房销售的土地增值税。
以上两种土地增值税计税方法中，在税收征管实践中，往往使用第一种计算方法会致使企业多缴税；使用第二种计税方法会致使企业少交税。因此，在税收征管实践中，税务机关偏向于使用第一种方法，房地产企业偏向于采用第二种方法，导致税企争议，不和谐税收征管的现象。
2、政策评析
《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发[2006]187号）第八条规定，在土地增值税清算时未转让的房地产，清算后销售或有偿转让的，纳税人应按规定进行土地增值税的纳税申报，扣除项目金额按清算时的单位建筑面积成本费用乘以销售或转让面积计算（单位建筑面积成本费用=清算时的扣除项目总金额÷清算的总建筑面积）。基于此规定 ，公式中的“扣除项目总金额”既包括已售建筑面积又包含未售建筑面积对应的成本。但 是，至于土地增值税清算后销售未转让房产如何计算增值率问题，税法上没有具体的规定，导致地方税务机关在执法中存在执法口径不统一的现象。另外，房地产企业销售土地增值税清算后未销售的尾房是现房而不是期房，不满足预缴土地增值税的现有税法规定，因此，纳税人已清算项目继续销售的，应在销售的当月进行清算，不对尾房销售收入先预征土地增值税，然后重新启动尾房销售的土地增值税清算。
3、案例分析
（一）案情介绍
某房地产企业营改增后开发的某花园小区项目，小区可售建筑面积为1万平方米，扣除项目中总建筑成本费用1200万元。201 8年12月小区房屋销售比例达到90%，开发商共取得房屋销售收入1350万元，涉及的税金及附加为 74.25万元，税务机关要求其进行土地增值税清算。企业在清算时，确定了该项目的单位建筑成本费用为1200元/平方米，缴纳土地增值税217.11万元。201 9年该项目又销售了门面房500平方米，取得销售收入500万元，涉及的税金及附加为27.5万元 。税务机关要求其再次清算土地增值税。此时，对于如何计算缴纳土地增值税，有两种不同的计算方法，且两种方法计算出来的税款悬殊较大，税企之间存在争议。现将两种计算方法分别阐述如下。
（二）销售尾房取得收入的土地增值税计税方法评析
1、计算土地增值税计税方法一
确定500万元是尾房销售所取得的全部收入，按照税法规定允许从尾房 销售收入总额中减去扣除项目金额，确定土地增值额和增值率，以此来计算土地增值税。
2023年，尾房销售收入500万元减去允许扣除的开发成本及费用60万元（1200×500），再减去税金及附加27.5万元，增值额为412.5万元。根据增值额与扣除项目的比值为增值率的公式，求得增值率为471.43%。
根据超过扣除项目金额200%的部分适用税率为60%的规定，按速算扣除系数35%计算，该房地产企业应缴纳土地增值税为216.87万元（412.5×60%- （60+27.5） ×35%=247.5-30.63）。
以上土地增值税计税方法一的计算理由是：土地增值税首次进行清算之后，再销售是一个独立的销售行为，是建立在首次清算确认过单位建筑成本费用的基础之上。因此，土地的增值额、增值率很容易计算出来，适用税率也容易确定，套用公式计算就可得知，且计算过程非常简便，便于税务人员的税收管理征管。
2、计算土地增值税计税方法二
首先，确定尾房销售收入的增值额：2 019年，尾房销售收入500万元减去允许扣除的开发成本及费用60万元（1200×500），再减去税金及附加27.5万元，增值额为412.5万元。
其次，确定尾房销售的增值率：确定增值率的计算过程为：售房的全部收入＝首次清算收入1350万元+再销售500万元＝1850万元，开发成本及费用扣除金额＝首次清算扣除金额1154.25万元（ 74.25+1200×10000×90%）+再销售扣除金额（60+27.5） 万元＝1241.75万元，增值额＝1850万元-1241.75万元＝608.25万元，增值率48.98%。由于增值率是48.98%，未超过50%，对应的适用税率为30%，速算扣除系数为0 。
最后，计算尾房销售收入的土地增值税：该房地产企业应缴纳土地增值税为412.5×30%=123.825万元。
因此，在销售土地增值税清算时未转让房产的土地增值税处理时，按方法二进行通盘考虑综合计算，可以节省216.87-123.825=93.045（万元）的土地增值税成本。
用方法二计算土地增值税的理由如下：
一是在国家税收政策没有改变的情况下，对于同一个房地产开发项目的应纳土地增值税是一个确定值，不可能是随着销售的时点不同而改变，不管过程如何变化，但最终土地增值税适用税率肯定是一个定值。
二是从实际情况看，土地增值税首次清算后如有存量房未销售，在清算后企业再次销售存量房是一个很正常的情况。更重要的是，一个开发项目销售完毕后，清算的土地增值额、增值率和应纳土地增值税应是唯一的，不应该有两个以上的结果。
三是根据《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发〔2006〕187号）的规定，在土地增值税清算时未转让的房地产，清算后销售或有偿转让的，纳税人应按规定进行土地增值税的纳税申报，扣除项目金额按清算时的单位建筑面积成本费用乘以销售或转让面积计算。这里规定了扣除项目的计算，但对增值 率的确定和税率的适用没有明确规定，这就意味着房产地企业和税务机关都可以自由选择增值率的确定和税率的确定方法。