保税区和综合保税区虽然只有二字之差，但税收政策却有着非常大的不同，特别是对于销售货物进入到特殊监管区域的企业而言，存在是否能够享受出口退税的差别，需要仔细加以辨别，避免带来不必要的税收风险。
保税区是经批准设立、受海关监督管理的可以较长时间存储商品的区域，其定位为“保税仓储、出口加工、转口贸易”三大功能。综合保税区是设立在内陆地区的具有保税港区功能的海关特殊监管区域，集出口加工区、保税物流区和港口的功能于一身。综合保税区是在保税区之后出现的，其功能定位延续了保税区的特点，但又有着不同之处，因此反映在税收政策上，保税区和综合保税区既有相同也有不同。
二者税收政策的共同点是，保税区和综合保税区都是基于“两头在外”的特殊区域定位，以鼓励出口为导向，因此境外货物入区都享受保税政策，具体来说就是：一是境外货物进入保税区或综合保税区都享受免征进口环节税收政策，对于直接从保税区或综合保税区出境的货物，都免征出口关税、增值税;二是区内企业在区内加工、生产的货物，销售给区内企业的，免征增值税、消费税;三是对从区内运往境内区外的货物，按照对进口货物的有关规定办理进口报关手续，并对报关的货物征收增值税、消费税。
保税区和综合保税区在税收政策方面有