该参数p代表的是“program”，用来选择程序。其包含五个选项：
blastp、blastn、blastx、tblastn和tblastx。
(1) -p blastp：用蛋白质序列搜索蛋白质序列库
(2) -p blastn：用核酸序列搜索核酸库
(3) -p blastx：核酸序列对蛋白质库的比对，核酸序列在比对之前自动按照六个读码框翻译成蛋白质序列
(4) -p tblastn：蛋白质序列对核酸库的比对，核酸库中的序列按照六个读码框翻译后与蛋白质序列进行比对搜索
(5) -p tblastx：核酸序列对核酸库在蛋白质质级别的比对，两者都在搜索之前翻译成为蛋白质质进行比对
2、 -i Query File [File In] (default = stdin)用于搜索数据库的查询 (query)文件，默认的是名为stdin的文件
3、-d Database name [String]选择待搜索的数据库，可以选择多个数据库 例如： -d “nr.fasta est.fasta”
4、-o output file name [File Out] (default = stdout)输出文件的名称，默认值为stdout
5、 -e Expected value [Real] (default = 10.0)期望值，这一参数控制搜索的灵敏度 (search sensitivity)，可以输入整数(如100)，分数 (如1/100)，小数 (如0.001)或是指数 (如5e-5)，默认值是10.0。
例：分别使用e值为0.1和0.01的两种情况下，用拟南芥的AP3基因的核酸序列在水稻MADS- box基因核酸序列库中搜索同源基因。
6、 -m Specifies alignment view (default = 0)设定搜索结果的显示格式，m参数的选项有12个
-m 0：默认参数，显示query和subject两两比对的信息
-m 1：显示query在所有subjects上的定位信息，并显示一致性比对信息，subject之间不同的碱基/氨基酸会被标出
例：用水稻的OsMADS6基因的核酸序列在水稻MADS-box基因核酸序列库中搜索同源基因。 命令“blastall -p blastn -i OsMADS6_D.txt -d OsMADS_D1.txt -o OsMADS6_blastn_Ff_e-47_m1.out -F F -e 1e-47 -m 1”
-m 2：显示query在所有subjects上的定位信息但是不显示一致性比对信息，subject之间不同的碱基/氨基酸会被标出
例：用水稻的OsMADS6基因的核酸序列在水稻MADS-box基因核酸序列库中搜索同源基因。 命令“blastall -p blastn -i OsMADS6_D.txt -d OsMADS_D1.txt -o OsMADS6_blastn_Ff_e-47_m1.out -F F -e 1e-47 -m 2”
-m 3：显示query在所有subjects的定位和一致性比对信息，不显示subjects之间的差异
例：用水稻的OsMADS6基因的核酸序列在水稻MADS-box基因核酸序列库中搜索同源基因。 命令“blastall -p blastn -i OsMADS6_D.txt -d OsMADS_D1.txt -o OsMADS6_blastn_Ff_e-47_m1.out -F F -e 1e-47 -m 3”
-m 4：显示query在所有subjects上的定位信息但是不显示一致性比对信息，不显示subjects之间的差异
例：用水稻的OsMADS6基因的核酸序列在水稻MADS-box基因核酸序列库中搜索同源基因。 命令“blastall -p blastn -i OsMADS6_D.txt -d OsMADS_D1.txt -o OsMADS6_blastn_Ff_e-47_m1.out -F F -e 1e-47 -m 4”
-m 5：显示query在所有subjects上的定位信息但是不显示每个碱基/氨基酸的比对信息，补充“-”比对区域，subjects之间不同的碱基/氨基酸会被标出
例：用水稻的OsMADS6基因的核酸序列在水稻MADS-box基因核酸序列库中搜索同源基因。 命令“blastall -p blastn -i OsMADS6_D.txt -d OsMADS_D1.txt -o OsMADS6_blastn_Ff_e-47_m1.out -F F -e 1e-47 -m 5”
-m 6：显示query在所有subjects上的定位信息但是不显示每个碱基/氨基酸的比对信息，补充“-”对齐比对区域，不显示subjects之间的差异
例：用水稻的OsMADS6基因的核酸序列在水稻MADS-box基因核酸序列库中搜索同源基因。 命令“blastall -p blastn -i OsMADS6_D.txt -d OsMADS_D1.txt -o OsMADS6_blastn_Ff_e-47_m1.out -F F -e 1e-47 -m 6”
-m 7：输出XML格式的blast结果
例：用水稻的OsMADS6基因的核酸序列在水稻MADS-box基因核酸序列库中搜索同源基因。 命令“blastall -p blastn -i OsMADS6_D.txt -d OsMADS_D1.txt -o OsMADS6_blastn_Ff_e-47_m1.out -F F -e 1e-47 -m 7”
-m 8：用列表格式显示比对结果。从左到右各列的意义依次是：query名， subject名，一致性百分数，比对长度，错配数，空位数，query比对起始位 点和终止位点，subject比对起始位点和终止位点，期望值，比对得分
例：用水稻的OsMADS6基因的核酸序列在水稻MADS-box基因核酸序列库中搜索同源基因。 命令“blastall -p blastn -i OsMADS6_D.txt -d OsMADS_D1.txt -o OsMADS6_blastn_Ff_e-47_m1.out -F F -e 1e-47 -m 8”
-m 9：用带有注释行的列表格式显示比对结果，格式与-m 8一样，只是在每 个query的必读结果前面加了注释行用于说明列表中各列的意义
例：用水稻的OsMADS6基因的核酸序列在水稻MADS-box基因核酸序列库中搜索同源基因。 命令“blastall -p blastn -i OsMADS6_D.txt -d OsMADS_D1.txt -o OsMADS6_blastn_Ff_e-47_m1.out -F F -e 1e-47 -m 9”
-m 10：输出文件为ASN格式的文