分子轨道（MO）可用原子轨道线性组合，是可以通过相应的原子轨道线性组合而成。分子轨道由原子轨道组合而成，n个原子轨道组合成n个分子轨道。。在组合产生的分子轨道中，能量低于原子轨道的称为成键轨道；高于原子轨道的称为反键轨道；无对应的（能量相近，对称性匹配）的原子轨道直接生成的称为非键轨道。把分子作为一个整体，电子在整个分子中运动。原子中每个电子的运动状态可用波函数（Ψ）来描述那样，分子中每个电子的运动状态也可以用相应的波函数来描述。分子轨道和杂化轨道不同，杂化轨道是同一原子内部能量相近的不同类型的轨道重新组合，而分子轨道却是由不同原子提供的原子轨道的线性组合。
H2分子轨道能级图
我们通过本章教程来介绍一款名为vaspmo的软件，这款软件可以实现分子轨道可视化。软件开发者为“Yang Wang”，根据开发者描述，该软件可以“读入VASP计算得到的PROCAR和CONTCAR文件，输出Gaussian结果文件。该文件能够被常用的量子化学可视化软件（如Molekel、Chemcraft、Gabedit、 Molden和JMol等）读取，进而绘制和观看体系的分子轨道。有些软件还能导出 cube文件（如Chemcraft和Molden等），从而又能被很多支持cube格式文件 的可视化软件所识别。”该程序适用于元素周期表中从氢到铋的元素（但不包括除了镧之外的镧系其他元素），共69种元素。软件编译方法请参照文后