首都医科大学基础医学院人体解剖与组织胚胎学系包括人体解剖学和组织胚胎学两个教研室。人体解剖学和组织学是研究正常人体形态结构和微细构造及其相关功能的重要学科，胚胎学主要研究人的胚胎发生、发育过程及其相关调控机制。人体解剖学、组织学与胚胎学是医学生非常重要的一门必修基础课，也是医学生不同于其他专业学生之处。本学科点是首都医科大学第一批获硕士学位授予权的单位之一，1997年获准北京市重点建设学科，2000年获博士学位授予权，2002年获批北京市重点学科，现为基础医学博士学位授权学科、基础医学博士后流动站。
本学科现有教师32人，教辅4人，其中教授6人，副教授9人，讲师13人，技术员4人。教师队伍中具有博士学位人员31人。
随着医学生命科学的发展与进步，人体形态结构的研究亦从宏观到微观，从器官到分子，从基础向临床应用转化研究。本学科在以下研究方面具有一定特色：（1）脑血管病与认知研究；（2）阿尔茨海默病突触机制研究；（3）胃肠微细构造与相关重要疾病研究；（4）肿瘤与代谢性疾病研究；（5）卵母细胞发育和老化机制研究；（6）线粒体功能及组织损伤修复研究；（7）干细胞与再生医学。近五年，本学科发表SCI收录论文69篇；出版专著与教材21部；承担省部级及以上科研课题39项，科研总经费达1408万元。