《中华人民共和国企业所得税法》第50条规定：“居民企业在中国境内设立不具有法人资格营业机构的，应当汇总计算并缴纳企业所得税”。
小编提醒：分支机构作为非独立法人主体，不属于企业所得税纳税主体，其相应的收入、支出应该合并到总公司进行汇总计算缴纳！
那是不是关于分支机构在申报企业所得税的时候都要无一例外由总机构进行汇总申报？
按照规定，的确是需要这样做的！但是在实务中很多财务小伙伴没有正确理解“独立核算”的概念，以致于根据是否实行“独立核算”来判断是否需要独立完成所得税汇算清缴工作，但是从上述我们知道，无论是“独立核算”还是“非独立核算”，分支机构都无需独立完成企业所得税汇算清缴工作，国家估计也预料到会有财务人员不按规定操作，也相应出台了下面的这条规定。
《国家税务总局关于印发的公告》（国家税务总局公告2012年第57号）第二十四条规定：以总机构名义进行生产经营的非法人分支机构，无法提供汇总纳税企业分支机构所得税分配表，也无法提供本办法第二十三条规定相关证据证明其二级及以下分支机构身份的，应视同独立纳税人计算并就地缴纳企业所得税，不执行本办法的相关规定。
但是，是不是有了这样的规定，财务人员就能放心地被视同为“独立纳税人”独立申报缴纳所得税，其实不然，先不说这种情况容易引起总分机构所在地的税源之争，给企业造成不必要的困扰，我们更要知道，由总机构汇总申报缴纳企业所得税，企业是可以做相关的税务筹划来减少企业的税收负担，且视同独立纳税人的分公司并不可以单独享受小型微利企业优惠政策，如果按照上述操作则会给企业带来不必要的损失。
我们从前面知道了总分机构之间的商品调拨（除同一县（市）外）对于增值税需要视同销售，那么对于企业所得税需要确认应税收入吗？
根据规定，除了将资产转移至境外以外，对于将资产在总机构及其分支机构之间转移，因资产所有权属在形式和实质上均不发生改变，可作为内部处置资产，不视同销售确认收入。
因此，总、分机构作为同一法人主体，彼此之间的商品调拨，并没有改变商品所有权的归属，没有失去对商品所有权的继续管理权和有效控制，因此不应确认为企业所得税收入。
个人所得税
《个人所得税法》第八条规定：“个人所得税以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人”。
我们可以看出，从规定上个税以工资谁发放来决定谁为扣缴义务人。也就是由总机构发放的工资，扣缴义务人为总机构；由分支机构发放的工资，扣缴义务人为分支机构，但是国家税务局关于扣缴义务人的标准统一认定为“凡税务机关认定对所得的支付对象和支付数额有决定权的单位和个人，即为扣缴义务人。”
而分支机构作为非法人单位，其员工工资薪金的决定权归总机构，根据文件规定总机构才属于法定的扣缴义务人。因此，严格意义上讲，分支机构不应成为“工资、薪金所得”个人所得税的扣缴义务人。
考虑实务中各地税务机关及纳税人对政策的理解和执行的尺度，因此建议在申报个人所得税时按以下口径执行：
（一）总机构发放的总机构人员的工资，由总机构完成个税扣缴；
（二）分支机构发放的分支机构人员的工资，可以由分支机构完成个税申报，也可以由总机构完成个税扣缴，建议由分支机构完成扣缴；
（三）总机构为分支机构的人员发放的工资，由总机构完成个税扣缴。
三、总分支机构账务处理
非独立核算
非独立核算单位通常不设置会计机构，仅配备会计人员进行原始凭证的填制、审核、整理和汇总，以及实物明细账的登记工作，不单独编制预算和计算盈亏。
一、通常无须做账，如有需要，可以编制现金或银行存款日记账、收支明细表等报表。
二、取得的所有收入返还总公司，由总公司核算、开具发票等。
三、发生的成本、支出、费用等票据全部以总公司名义开具，分公司取得票据后向总公司报销。
非独立核算总公司账务处理如下：
（1）总公司拨款
借：备用金/其他应收款---分公司
贷：银行存款等
（2）分公司报销
借：成本/费用类科目
贷：备用金/其他应收款---分公司
备注:涉及分公司的其他科目可设下级科目或辅助核算。
独立核算
独立核算要求总分公司分别建立会计账套，均要求会计核算健全。各自根据自己实际经济业务需要进行账务处理。
账务处理如下:
（1）总公司向分公司拨付启动资金、日常经营借款等资金
总公司拨付资金
借：其他应收款----分公司
贷：库存现金/银行存款
分公司收到资金
借：库存现金/银行存款
贷：其他应付款----总公司
（2）总分公司之间调拨存货（跨县（市））
总公司调出商品
借：其他应收款----分公司
贷：库存商品
应交税费应交增值税（销项税额）
分公司收到商品
借：库存商品
应交税费应交增值税（进项税额）
贷：其他应付款----总公司
在这里我们要注意，分公司属于总公司的一个分支机构，不具备独立法人资格。总、分公司之间的商品交易，并不能给公司所有者带来权益的增加及经济利益的总流入，因此会计处理上不能确认为收入。也就是总、分公司之间的交易，在会计处理上不确认为收入。
四、注意事项
1.总分支机构容易多缴的印花税情形：
（1）总分机构、分分机构之间的资金划拨，无需缴纳“资金账簿”税目的印花税，总机构划拨给分支机构的资金属于企业内部往来款，并不通过“实收资本”或者“资本公积”科目核算。
（2）总分机构、分分机构之间的资金往来，无需缴纳“借款合同”税目的印花税，因为属于同一法人企业内部机构间的资金调拨，不属于借款。
（3）总分机构、分分机构之间的商品、财产调拨等行为，不申报缴纳“购销合同”、“产权转移书据”等税目的印花税
2. 分支机构不可以单独申请高新技术企业认定，因为高新技术企业认定的前提条件是需要具有独立法人资格、在内地注册满1年以上的公司才可申请。
3. 若总机构可以享受高新技术企业优惠，分公司也同样可以享受，公司享受高新技术企业优惠需以当年度整个企业（总机构加分支机构）的各项指标一起判断是否符合高新技术企业减免税条件。如果符合高新技术企业减免税条件，由总机构办理高新技术企业优惠备案手续后，总分机构可一起享受税收优惠。
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