(一)预缴及汇算清缴所得税的计算
企业所得税实行按年计征、分期预缴、年终汇算清缴、多退少补的办法。其应纳税所得税额的计算分为预缴所得税额计算和年终汇算清缴所得税额计算两部分。
1、按月(季)预缴所得税的计算方法
纳税人预缴所得税时，应当按纳税期限内应纳税所得额的实际数预缴;按实际数预缴有困难的，可按上一年度应纳税所得额的1/12或1/4预缴，或者经当地税务机关认可的其他方法分期预缴所得税。其计算公式为：应纳所得税额=月(季)应纳税所得额×33%或=上年应纳税所得额×1/12(或1/4)×33%。
2、年终汇算清缴的所得税的计算方法
全年应纳所得税额=全年应纳税所得额×33%
多退少补所得税额=全年应纳所得税额-月(季)已预缴所得税额
企业所得税税款应以人民币为计算单位。若所得为外国货币的，应当按照国家外汇管理机关公布的外汇汇率折合人民币缴纳。
(二)境外所得税抵免和应纳税额的计算
纳税人来源于我国境外的所得，在境外实际缴纳的所得税款，准予在汇总纳税时，从其应纳税额中抵免。但抵免限额不得超过其境外所得按我国企业所得税规定计算的应纳税额。具体内容包括：
1、可抵免的外国税收范围
可抵免的外国税收，必须是纳税人就来源于境外的所得在境外实际缴纳了的所得税税款，不包括减免以及纳税后又得到补偿或由他人代为承担的税款。
2、税收抵免的限额
税收的抵免限额是，纳税人的境外所得依据企业所得税条例及实施细则的有关规定，扣除取得该项所得应摊计的成本、费用及损失后所得出的应税所得额，按规定税率计算出的应纳税额。该税收抵免限额应当分国(地区)不分项计算。 计算公式为：
税收抵免限额=境内、境外所得按税法计算的应纳税总额×(来源于某国的所得额÷境内、境外所得总额)
3、抵免不足部分的处理
纳税人来源于境外所得实际缴纳的所得税款，如果低于按规定计算出的扣除限额，可以从应纳税额中如数扣除其在境外实际缴纳的所得税税款;如果超过扣除限额，其超过部分不得在本年度作为税额扣除，也不得列为费用支出，但可以用以后年度税额扣除不超过限额的余额补扣，补扣期限最长不得超过5年。
4、税收定率扣除法
企业从境外取得的所得可以不区分免税或非税项目，统一按境外应纳税所得额16.5%的比例计算扣除。[page]
5、盈亏弥补
企业境外业务之间的盈亏可以相互弥补，但企业境内外之间的盈亏不得相互弥补。为了计算简便，企业的境外所得可按规定单独计算补税，不工入企业的应纳税所得额。
(三)分回税后利润(股息)应纳税额的计算
企业在国内投资、联营取得利润，由接受投资或联营企业向其所在地税务机关纳税。对于投资方或参营方分得的利润(股息)，因其已是所得税后利润，一般不征税。但如果涉及地区间所得税适用税率存在差异，则纳税人从其他企业分回的已经缴纳企业所得税的利润，其已缴纳的税额需要在计算本企业所得税时予以调整。其调整方法为：
1、如果投资方企业所得税税率低于联营企业的，不退还所得税;
2、如果投资方企业所得税税率高于联营企业的，投资方企业分回的税后利润应按规定单独计算补缴所得税。补缴所得税的计算公式如下：
(1)来源于联营企业的应纳税所得额=投资方分回的利润额÷(1-联营企业所得税税率)
(2)应纳所得税额=来源于联营企业的应纳税所得额×投资方适用税率
(3)税收扣除额=来源于联营企业的应纳税所得额×联营企业适用税率
(4)应补缴所得税额=应纳所得税额-税收扣除额
上述公式(1)中的“联营企业适用税率”为联营企业征税时实际使用的税率。公式(2)、(3)中的“投资方适用税率”和“联营企业适用税率”，均指按税法规定企业适用的税率(不包括享受免、减税因素)，如经济特区和沿海开放城市分别适用15%和24%的税率，内地企业适用33%的税率。即计算分回利润的应纳税所得额时，按联营企业实际征税时使用的税率，企业按税法规定享受的减免税优惠，在投资方作补税调整时，可参照饶让原则，视为联营方已按规定的适用税率征税。
3、如果投资方企业与联营企业的适用税率一致，则从联营企业分回的税后利润不予补税;如果由于联营企业享受税收优惠而实际执行税率低于投资方企业的，则投资方从联营企业分回的税后利润也不再补税。
4、中方企业单位从设在经济特区、上海浦东新区、经济技术开发区、开放区等国务院批准的特定区域(不包括高新技术产业开发区)的中外合资企业分回的税后利润，凡该中外合资企业适用15%或24%所得税税率的，中方企业应比照从联营企业分回利润的征税办法，按规定补税。
5、企业对外的投资分回的股息、红利收入，暂比照联营企业的规定进行纳税调整。
[page]6、如果投资方企业发生亏损，其分回的利润可先弥补亏损，弥补亏损后仍有余额的，再按照规定补缴所得税。为了简化计算，企业发生亏损，对其从被投资方分回的投资收益(包括股息、红利、联营分利等)允许不再还原为税前利润，而直接用于弥补亏损，剩余部分再按规定计算补税。如果企业既有按规定需要补税的投资收益，也有不需要补税的投资收益，可先用需要补税的投资收益直接弥补亏损，弥补后还有亏损的，再用不需要补税的投资收益弥补亏损，弥补亏损后有盈余的，不再补税。
7、联营企业的亏损，由联营企业就地依法进行弥补。
(四)清算所得应纳税额的计算方法
清算所得是指纳税人清算时的全部资产或者财产扣除清算费用、损失、负债、企业未分配利润、公益金和公积金后的余额，超过实缴资本的部分。
具体计算方法如下：
1、全部清算财产变现损益=存货变现损益+非存货资产变现损益+清算财产盘盈
2、净资产或剩余财产=全部清算财产变现损益--应付未付职工工资、劳动保险费等--清算费用--拖欠的各项税金--尚未偿付的各项债务--收取债权损失+偿还负债的收入
3、清算所得=净资产或剩余财产-累计未分配利润-税后提取的各项基金结余-企业的资本公积金-盈余公积金+法定财产估价增溢+接受捐赠 的财产价值-企业的注册资本金