(一)公司型
基金公司转让标的公司股权取得的股权转让所得或损失需并入基金公司当年度应纳税所得额计算缴纳企业所得税。
(二)有限合伙型
合伙企业转让被投资方的股权，合伙企业取得的收益应当按照合伙比例划分，其中，归属于法人合伙人的收益，应并入其当年度所得总额征收企业所得税。合伙人为自然人的，依据《财政部、国家税务总局关于印发的通知》(财税〔2000〕91号)规定，按照“个体工商户的生产经营所得”征收个人所得税，适用5%-35%的五级超额累进税率。
一般在有限合伙基金退出后，将面临着两方面问题：
第一，涉及到自然人LP的个税，个人作为基金有限合伙人，有限合伙企业投资Pre-新三板、Pre-IPO项目，挂牌后或上市后退出，是按照20%的税率去缴纳个人所得税，还是按照5%到35%的税率？这个问题困扰着不少PE/VC基金的管理人。
其实在个人所得税中早已明确，关于股息红利所得，税率为20%，那么股权转让所得是否也可以参照20%税率呢？实际在很多地区，特别是一些基金小镇的招商过程中，甚至金融办的文件中，明确规定股权转让所得视同股息红利所得，征收20%个人所得税。但是严格按照税法，其实这是错的、是违法的，但是自然人LP享受到了税收优惠。因此，自然人作为基金有限合伙人，股息红利所得按照20%征个人所得税，其次，股权转让所得，应该按照5%到35%的税率征收个人所得税。
第二，如果LP是一个公司，则要被征收企业所得税。如果有限合伙基金对外投资了另外一个企业，当这个企业分红给有限合伙基金，有限合伙又把这个分红分给法人LP，那么这个环节的企业所得税到底该如何？
这一点上，国内通行做法和国际惯例有所不同。国际惯例上，有限合伙可以穿透，视同于你法人单位直接投资，但是国内不适用。国内在企业所得当中明确规定，居民企业间的股息红利所得是免税的。
但当法人合伙人投资于有限合伙企业，由于经过了这个有限合伙企业这么一道，那么你法人合伙人就不是直接从居民企业得到的股息红利，而是从有限合伙企业得到的。因此这部分也需要按照25%税率缴纳企业所得税。
(三)契约型
对于契约型私募股权投资基金，需由投资人就最终取得的投资收益自行申报缴纳企业所得税或个人所得税。