一、会计科目的设置个人所得税的纳税方式主要有纳税人自行申报纳税和企事业单位代扣代缴两种，而且，除了少数情况下，由纳税人按规定自行申报缴纳之外，大多是由企事业单位按照法律的规定实行代扣代缴。当个人所得税由纳税人自行申报缴纳时，企事业单位不存在个人所得税扣税与税款缴纳问题，自然不需要进行会计核算；但是，如果按企事业单位按照法律的规定对纳税人的个人所得税税款实行代扣代缴的，那么，就必须在账簿上反映个人所得税税款扣缴情况。这种核算既是财务会计制度的要求，也是税收法律法规的要求。
企事业单位要进行代扣代缴个人所得税税款的核算，必须设置“应交税金——应交个人所得税”会计科目。此科目为负债类科目，当企事业单位在向个人支付所得代扣个人所得税税金时，记入此科目的贷方；实际将代扣的税款向税务机关申报并缴纳入库时，则记入其借方。该科目的期末余额一般在贷方，表示期末累计已代扣尚未申报解缴的个人所得税额。其他涉及的会计科目要视扣款的来源确定。如，扣缴工资、薪金所得税时，一般通过“应付工资”科目进行；扣缴承包人、承租人应缴纳的个人所得税时，一般通过“应付利润”科目进行；扣缴债权人利息所得的所得税时，一般通过“应付债券——应计利息”科目进行。
二、代扣代缴个人所得税的具体会计核算（一）工资薪金所得的个人所得税扣缴的会计核算企事业单位为职工代扣代缴个人所得税有两种情况：第一，职工自己承担个人所得税，企事业单位只负有扣缴义务；第二，企事业单位既承担税款，又负有扣缴义务。但是不管哪一种，在个人所得税的会计处理都是相同的，即在向职工支付工资薪金并按规定扣缴职工应缴纳的个人所得税时，作如下会计分录：借：应付工资贷：应交税金——应交个人所得税
实际申报缴纳个人所得税时则作会计分录：借：应交税金——应交个人所得税贷：银行存款或者现金
两者的不同主要表现为应付工资总数额上的差别，即在工资待遇相同的情况下，单位为个人负担税款时，需要计提