纳税人如果不申请退还增值税留抵税额，附加税费如何计算，答案比较清晰。这种情况下，其当期留抵税额可继续抵扣以后纳税期产生的增值税销项税额，直到某期的销项税额大于当期应抵扣税额时，才需就差额部分，确认当期增值税应纳税额，并计算缴纳附加税费。
上述案例中，如果甲公司7月申报期内并未申请退还上期期末留抵税额，则其计算7月应纳税额时，应抵扣税额为50万元（进项税额10万元+留抵税额40万元），应纳税额＝当期销项税额80万元-应抵扣税额50万元＝30（万元）。
由此，由于该公司在8月申报期内，申报缴纳了7月的增值税30万元，当期还应申报缴纳城市建设维护税2.1万元（30×7%）、教育费附加0.9万元（30×3%）、地方教育附加0.6万元（30×2%），合计缴纳附加税费3.6万元（2.1+0.9+0.6）。
2、退税，留抵退税额应从计征基础中扣除
申请留抵退税后，附加税费如何计算，则是困扰许多纳税人的难点问题。
如果纳税人在产生增量留抵税额当期即申请退还，就意味着后期可继续抵扣的留抵税额清零或减少。在相关配套政策发布实施前，这就相当于，已申请退还的这部分留抵税额，融入了后期的应纳税额，成了附加税费的计税（征）依据。
如果甲公司上月期末与2023年3月31日相比的增量留抵税额40万元，符合《财政部 税务总局关于明确部分先进制造业增值税期末留抵退税政策的公告》（财政部 税务总局公告2023年第84号）的规定，且已在7月申报期申请退还，则该公司应于8月申报期内，申报缴纳7月增值税税款=当期销项税额80万元-当期进项税额10万元=70（万元）。
同时，假设没有相关配套政策，则还应申报缴纳城市建设维护税4.9万元（70×7%）、教育费附加2.1万元（70×3%）、地方教育附加1.4万元（70×2%），合计缴纳附加税费8.4万元（4.9+2.1+1.4）。
这样就因为留抵退税而增加了企业附加税的负担。
为保证增值税期末留抵退税政策的有效落实，财政部、国家税务总局于2018年7月发布了《关于增值税期末留抵退税有关城市维护建设税教育费附加和地方教育附加政策的通知》（财税〔2018〕80号，以下简称“80号文件”）这一配套政策，对实行增值税期末留抵退税的纳税人，允许其从附加税费的计税（征）依据中扣除退还的增值税税额。
不论是适用增值税期末留抵税额退税，还是部分先进制造业增值税期末留抵退税，或疫情防控重点保障物资生产企业增量留抵退税政策的纳税人，均可以适用80号文件的政策。
根据80号文件的规定，甲公司可将退还的增值税留抵税额40万元，从当期附加税费的计税（征）依据中扣除。也就是说，该公司7月应缴纳城市建设维护税（70-40）×7%＝2.1（万元），教育费附加=（70-40）×3%＝0.9（万元），地方教育附加=（70-40）×2%＝0.6（万元），合计缴纳附加税费2.1+0.9+0.6=3.6（万元）。
由此可见，80号文件关于从附加税费的计税（征）依据中扣除退还留抵税额的规定，与相关退还增值税期末（增量）留抵税额的政策规定配套使用，纳税人既取得了增值税留抵退税，又没有增加额外负担。纳税人在拿到留抵退税款时，也别忘了相应作出调整，准确申报缴纳附加税费。
来源：《中国税务报》、税海涛声查看